Sylvain Moineau Ph.D.
Professeur titulaire

Département de biochimie, de microbiologie et de bio-informatique
Faculté des sciences et de génie
Pavillon Alexandre-Vachon
1045 avenue de la Médecine, Université Laval
Québec, Canada, G1V 0A6
Tel: 418 656-3712
Fax: 418 656-2861
Courriel: sylvain.moineau@bcm.ulaval.ca

Bienvenue sur le site web du laboratoire de Sylvain Moineau

Notre équipe de recherche se spécialise dans la caractérisation des bactériophages.

Il est maintenant reconnu que les bactériophages (ou phages) sont les entités biologiques les plus abondantes de la planète. Ce sont des virus qui infectent et détruisent spécifiquement des bactéries. On les retrouve aux mêmes endroits que les bactéries et ils jouent un rôle prépondérant dans le maintien de l’équilibre des écosystèmes. En fait, les phages sont d’excellents modèles viraux applicables à une panoplie de domaines.

Les bactériophages peuvent être à la fois nos amis et nos ennemis. Amis puisqu’ils suppriment des populations bactériennes aux propriétés nocives, incluant des bactéries pathogènes. Ces phages peuvent avoir des applications industrielles et médicales comme agents de biocontrôle. Ennemis puisqu’ils détruisent des bactéries domestiquées par l’homme jouant un rôle important dans les fermentations, particulièrement dans l’industrie agroalimentaire.

Nos travaux de recherche ont pour objectif d'approfondir les connaissances sur la biologie des phages. On privilégie une approche intégrative (combinant des données de génomique, transcriptomique, protéomique, et de biologie structurale) pour comprendre les interactions entre les phages et les bactéries. De nouveaux outils sont développés pour éliminer les bactériophages dans les fermentations laitières et également pour optimiser leur utilisation comme antibactériens dans divers secteurs industriels et de santé publique.

Pour connaître nos projets de recherche en cours, consultez ce site: Recherche

Notre laboratoire abrite également la plus importante collection publique de bactériophages de référence au monde (www.phage.ulaval.ca).

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Addablah AA, Ngazoa-Kakou SE, Adioumani EA, Labrie SJ, Tremblay DM, Gunathilake D, Moineau S. 2024. Complete genome of Escherichia phages Carena and JoYop. Microbiol Resour Announc 13:e0123323. Résumé

Dion MB, Shah SA, Deng L, Thorsen J, Stokholm J, Krogfelt KA, Schjørring S, Horvath P, Allard A, Nielsen DS, Petit MA, Moineau S. 2024. Escherichia coli CRISPR arrays from early life fecal samples preferentially target prophages. ISME J 18. Résumé

Gandon S, Guillemet M, Gatchitch F, Nicot A, Renaud AC, Tremblay DM, Moineau S. 2024. Building pyramids against the evolutionary emergence of pathogens. Proc Biol Sci 291:20231529. Résumé

Oechslin F, Zhu X, Morency C, Somerville V, Shi R, Moineau S. 2024. Fermentation Practices Select for Thermostable Endolysins in Phages. Mol Biol Evol 41. Résumé

de Melo AG, Morency C, Moineau S. 2024. Virulence-associated factors as targets for phage infection. Curr Opin Microbiol 79:102471. Résumé

Hosseini N, Chehreghani M, Moineau S, Charette SJ. 2024. Centroid of the bacterial growth curves: a metric to assess phage efficiency. Commun Biol 7:673. Résumé

Bayat F, Hilal A, Thirugnanasampanthar M, Tremblay D, Filipe CDM, Moineau S, Didar TF, Hosseinidoust Z. 2024. High throughput platform technology for rapid target identification in personalized phage therapy. Nat Commun 15:5626. Résumé

Gunathilake KMD, Makumi A, Loignon S, Tremblay D, Labrie S, Svitek N, Moineau S. 2024. Diversity of Salmonella enterica phages isolated from chicken farms in Kenya. Microbiol Spectr 12:e0272923. Résumé

Philippe C, Cornuault JK, de Melo AG, Morin-Pelchat R, Jolicoeur AP, Moineau S. 2023. The never-ending battle between lactic acid bacteria and their phages. FEMS Microbiol Rev 47. Résumé

Pastuszka A, Rousseau GM, Somerville V, Levesque S, Fiset JP, Goulet A, Doyon Y, Moineau S. 2023. Dairy phages escape CRISPR defence of Streptococcus thermophilus via the anti-CRISPR AcrIIA3. Int J Food Microbiol 407:110414. Résumé

Leal Rodriguez C, Shah SA, Rasmussen MA, Thorsen J, Boulund U, Pedersen CT, Castro-Mejia JL, Poulsen CE, Poulsen CS, Deng L, Larsen FAN, Widdowson M, Zhang Y, Sorensen SJ, Moineau S, Petit MA, Chawes B, Bonnelykke K, Nielsen DS, Stokholm J. 2023. The infant gut virome is associated with preschool asthma risk independently of bacteria. Nat Med doi:10.1038/s41591-023-02685-x. Résumé

Hosseini N, Paquet VE, Marcoux PE, Alain CA, Paquet MF, Moineau S, Charette SJ. 2023. MQM1, a bacteriophage infecting strains of Aeromonas salmonicida subspecies salmonicida carrying Prophage 3. Virus Res 334:199165. Résumé

de Melo AG, Lemay ML, Moineau S. 2023. The impact of Brevibacterium aurantiacum virulent phages on the production of smear surface-ripened cheeses. Int J Food Microbiol 400:110252. Résumé

Jolicoeur AP, Lemay ML, Beaubien E, Bélanger J, Bergeron C, Bourque-Leblanc F, Doré L, Dupuis M, Fleury A, Garneau JE, Labrie SJ, Labrie S, Lacasse G, Lamontagne-Drolet M, Lessard-Hurtubise R, Martel B, Menasria R, Morin-Pelchat R, Pageau G, Samson JE, Rousseau GM, Tremblay DM, Duquenne M, Lamoureux M, Moineau S. 2023. Longitudinal Study of Lactococcus Phages in a Canadian Cheese Factory. Appl Environ Microbiol doi:10.1128/aem.00421-23:e0042123. Résumé

Alizadeh Sahraei A, Mejia Bohorquez B, Tremblay D, Moineau S, Garnier A, Larachi F, Lagüe P. 2023. Insight into the Binding Mechanisms of Quartz-Selective Peptides: Toward Greener Flotation Processes. ACS Appl Mater Interfaces 15:17922-17937. Résumé

Campbell ZA, Njiru N, Mhone AL, Makumi A, Moineau S, Svitek N. 2023. Gender-Responsive Design of Bacteriophage Products to Enhance Adoption by Chicken Keepers in Kenya. Viruses 15. Résumé

Shah SA, Deng L, Thorsen J, Pedersen AG, Dion MB, Castro-Mejía JL, Silins R, Romme FO, Sausset R, Jessen LE, Ndela EO, Hjelmsø M, Rasmussen MA, Redgwell TA, Leal Rodríguez C, Vestergaard G, Zhang Y, Chawes B, Bønnelykke K, Sørensen SJ, Bisgaard H, Enault F, Stokholm J, Moineau S, Petit MA, Nielsen DS. 2023. Expanding known viral diversity in the healthy infant gut. Nat Microbiol doi:10.1038/s41564-023-01345-7. Résumé

Rasmussen TS, Koefoed AK, Deng L, Muhammed MK, Rousseau GM, Kot W, Sprotte S, Neve H, Franz C, Hansen AK, Vogensen FK, Moineau S, Nielsen DS. 2023. CRISPR-Cas provides limited phage immunity to a prevalent gut bacterium in gnotobiotic mice. ISME J 17:432-442. Résumé

Nielsen TK, Forero-Junco LM, Kot W, Moineau S, Hansen LH, Riber L. 2023. Detection of nucleotide modifications in bacteria and bacteriophages: Strengths and limitations of current technologies and software. Mol Ecol doi:10.1111/mec.16679. Résumé

Kejzar N, Laanto E, Rissanen I, Abrishami V, Selvaraj M, Moineau S, Ravantti J, Sundberg LR, Huiskonen JT. 2022. Cryo-EM structure of ssDNA bacteriophage ΦCjT23 provides insight into early virus evolution. Nat Commun 13:7478. Résumé

Lai TT, Pham TTH, van Lingen M, Desaulniers G, Njamen G, Tolnai B, Jabrane T, Moineau S, Barnabé S. 2022. Development of Antimicrobial Paper Coatings Containing Bacteriophages and Silver Nanoparticles for Control of Foodborne Pathogens. Viruses 14. Résumé

Xavier ADS, de Melo AG, Hendrich CG, Tremblay DM, Rousseau GM, Plante PL, Forest KT, Alfenas-Zerbini P, Allen C, Moineau S. 2022. In through the Out Door: A Functional Virulence Factor Secretion System Is Necessary for Phage Infection in Ralstonia solanacearum. mBio 13:e0147522. Résumé

Mhone AL, Makumi A, Odaba J, Guantai L, Gunathilake KMD, Loignon S, Ngugi CW, Akhwale JK, Moineau S, Svitek N. 2022. Salmonella Enteritidis Bacteriophages Isolated from Kenyan Poultry Farms Demonstrate Time-Dependent Stability in Environments Mimicking the Chicken Gastrointestinal Tract. Viruses 14. Résumé

Philippe C, Morency C, Plante PL, Zufferey E, Achigar R, Tremblay DM, Rousseau GM, Goulet A, Moineau S. 2022. A truncated anti-CRISPR protein prevents spacer acquisition but not interference. Nat Commun 13:2802. Résumé

Oechslin F, Zhu X, Dion MB, Shi R, Moineau S. 2022. Phage endolysins are adapted to specific hosts and are evolutionarily dynamic. PLoS Biol 20:e3001740. Résumé

Mhone AL, Makumi A, Odaba J, Guantai L, Gunathilake KMD, Loignon S, Ngugi CW, Akhwale JK, Moineau S, Svitek N. 2022. Salmonella Enteritidis Bacteriophages Isolated from Kenyan Poultry Farms Demonstrate Time-Dependent Stability in Environments Mimicking the Chicken Gastrointestinal Tract. Viruses 14. Résumé

Gunathilake KMD, Tremblay DM, Plante PL, Jensen EC, Nickerson KW, Moineau S. 2022. Genome Sequence of SN1, a Bacteriophage That Infects Sphaerotilus natans and Pseudomonas aeruginosa. Microbiol Resour Announc 11:e0047822. Résumé

Guillemet M, Chabas H, Nicot A, Gatchich F, Ortega-Abboud E, Buus C, Hindhede L, Rousseau GM, Bataillon T, Moineau S, Gandon S. 2022. Competition and coevolution drive the evolution and the diversification of CRISPR immunity. Nat Ecol Evol doi:10.1038/s41559-022-01841-9. Résumé

Hosseini N, Paquet VE, Chehreghani M, Moineau S, Charette SJ. 2021. Phage Cocktail Development against Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida Strains Is Compromised by a Prophage. Viruses 13. Résumé

Cornuault JK, Byatt G, Paquet ME, De Koninck P, Moineau S. 2022. Zebrafish: a big fish in the study of the gut microbiota. Curr Opin Biotechnol. 73:308-313. Résumé

Cornuault JK, Moineau S. 2021. Induction and Elimination of Prophages Using CRISPR Interference. CRISPR J. 4:549-557. Résumé

Mosterd C, Moineau S. 2021. Primed CRISPR-Cas Adaptation and Impaired Phage Adsorption in Streptococcus mutans. mSphere. 6:e00185-21. Résumé

Pastuszka A, Beauruelle C, Camiade E, Rousseau GM, Moineau S, Mereghetti L, Horvath P, Lanotte P. 2021. Functional Study of the Type II-A CRISPR-Cas System of Streptococcus agalactiae Hypervirulent Strains. CRISPR J. 4:233-242. Résumé

Doré L, Pageau G, Bourque-Leblanc F, Dupuis MÈ, Lessard-Hurtubise R, Lacasse G, Plante PL, Labrie S, P Jolicoeur A, Rousseau GM, Tremblay DM, Moineau S. 2021. Complete Genome Sequences of 10 Lactococcal Skunavirus Phages Isolated from Cheddar Cheese Whey Samples in Canada. Microbiol Resour Announc. 10:e00098-21. Résumé

Achigar R, Scarrone M, Rousseau GM, Philippe C, Machado F, Duvós V, Campot MP, Dion MB, Shao Y, Pianzzola MJ, Moineau S. 2021. Ectopic Spacer Acquisition in Streptococcus thermophilus CRISPR3 Array. Microorganisms. 9:512. Résumé

Hoikkala V, Ravantti J, Díez-Villaseñor C, Tiirola M, Conrad RA, McBride MJ, Moineau S, Sundberg LR. 2021. Cooperation between Different CRISPR-Cas Types Enables Adaptation in an RNA-Targeting System. mBio. 12:e03338-20. Résumé

Jungblut AD, Raymond F, Dion MB, Moineau S, Mohit V, Nguyen GQ, Déraspe M, Francovic-Fontaine É, Lovejoy C, Culley AI, Corbeil J, Vincent WF. 2021. Genomic diversity and CRISPR-Cas systems in the cyanobacterium Nostoc in the High Arctic. Environ Microbiol. 23:2955-2968. Résumé

Dion MB, Plante PL, Zufferey E, Shah SA, Corbeil J, Moineau S. 2021. Streamlining CRISPR spacer-based bacterial host predictions to decipher the viral dark matter. Nucleic Acids Res. 49:3127-3138. Résumé

Philippe C, Moineau S. 2021. The endless battle between phages and CRISPR-Cas systems in Streptococcus thermophilus. Biochem Cell Biol doi:10.1139/bcb-2020-0593. Résumé

Mosterd C, Rousseau GM, Moineau S. 2021. A short overview of the CRISPR-Cas adaptation stage. Can J Microbiol 67:1-12. Résumé

Fage C, Lemire N, Moineau S. 2020. Delivery of CRISPR-Cas systems using phage-based vectors. Curr Opin Biotechnol 68:174-180. Résumé

Yousfi K, Usongo V, Berry C, Khan RH, Tremblay DM, Moineau S, Mulvey MR, Doualla-Bell F, Fournier E, Nadon C, Goodridge L, Bekal S. 2020. Source Tracking Based on Core Genome SNV and CRISPR Typing of Salmonella enterica Serovar Heidelberg Isolates Involved in Foodborne Outbreaks in Quebec, 2012. Front Microbiol 11:1317. Résumé

Teusink B, Kuipers OP, Moineau S. 2020. Symposium on Lactic Acid Bacteria-reading while waiting for a meeting. FEMS Microbiol Rev Résumé

Jolicoeur AP, Shao Y, Lemay M-L, Moineau S. 2020. CRISPR-Cas Systems in Starter Cultures, Reference Module in Food Science Résumé

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Spinelli S, Tremblay D, Moineau S, Cambillau C, Goulet A. 2020. Structural Insights into Lactococcal Siphophage p2 Baseplate Activation Mechanism. Viruses 12. Résumé

Lemay ML, Maaß S, Otto A, Hamel J, Plante PL, Rousseau GM, Tremblay DM, Shi R, Corbeil J, Gagné SM, Becher D, Moineau S. 2020. A Lactococcal Phage Protein Promotes Viral Propagation and Alters the Host Proteomic Response During Infection. Viruses 12. Résumé

Yousfi K, Usongo V, Berry C, Khan RH, Tremblay DM, Moineau S, Mulvey MR, Doualla-Bell F, Fournier E, Nadon C, Goodridge L, Bekal S. 2020. Source Tracking Based on Core Genome SNV and CRISPR Typing of Salmonella enterica Serovar Heidelberg Isolates Involved in Foodborne Outbreaks in Québec, 2012. Front Microbiol 11:1317. Résumé

Mosterd C, Moineau S. 2020. Characterization of a Type II-A CRISPR-Cas System in Streptococcus mutans. mSphere 5. Résumé

Mosterd C, Rousseau GM, Moineau S. 2020. A short overview of the CRISPR-Cas adaptation stage. Can J Microbiol doi:10.1139/cjm-2020-0212:1-12. Résumé

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Makarova, K.S., Y.I. Wolf, J. Iranzo, S.A. Shmakov, O.S. Alkhnbashi, S.J.J. Brouns, E. Charpentier, D. Cheng, D.H. Haft, P. Horvath, S. Moineau, F.J.M. Mojica, D. Scott, S.A. Shah, V. Siksnys, M.P. Terns, C. Venclovas, M.F. White, A.F. Yakunin, W. Yan, F. Zhang, R.A. Garrett, R. Backofen, J. van der Oost, R. Barrangou, et E.V. Koonin. 2019. Evolutionary classification of CRISPR-Cas systems: a burst of class 2 and derived variants. Nat Rev Microbiol. Résumé

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